3×01 – Meaning
Prvýkrát odvysielané 5.9.2006, scenár Lawrence Kaplow & David Shore, réžia Deran Sarafian.
House sa po zotavení (po strelných zraneniach) vracia do nemocnice, správa sa čudne, dobrovoľne súhlasí s liečbou “nezaujímavého” pacienta. Jeho bolesť ustúpila (po umelo vyvolanej kóme), užíva si bezbolestný život.

3×02 – Cane & Able
Prvýkrát odvysielané 12.9.2006, scenár Russel Friend & Garrett Lerner, réžia Daniel Sackheim.
Malý chlapec verí, že ho pravidelne unášajú mimozemšťania, jeho stav sa stále zhoršuje, diagnóza dáva tímu zabrať. House začína znovu pociťovať bolesť, je pre neho ťažké sa s tým vyrovnať.

3×03 – Informed Consent
Prvýkrát odvysielané 19.9.2006, scenár David Foster, réžia Laura Innes.
Uznávaný lekár upadne do bezvedomia počas jedného zo svojich pokusov na potkanoch. Pre Housea a jeho tím je to ďalšou výzvou. Pacient-lekár však odmieta testy i liečbu, chce zomrieť. Dá Houseovi 24h na zistenie diagnózy, inak si želá smrť.

3×04 – Lines In The Sand
Prvýkrát odvysielané 26.9.2006, scenár David Hoselton, réžia Newton Thomas Sigel.
Pacientom je 10-ročný chlapec, ťažký autista. Nemôže doktorom povedať, čo mu je, len kričí. Traja predchádzajúci doktori nedokázali určiť diagnózu, na rade je House. Ten má medzitým svoje vlastné problémy, Cuddyová mu z kancelárie dala odstrániť jeho obľúbený koberec a na päty sa mu zavesila “stalkerka Ali” z predchádzajúcej epizódy.

3×05 – Fools for Love
Prvýkrát odvysielané 31.10.2006, scenár Peter Blake, réžia David Platt.
K Houseovi sa dostane prípad mladej ženy, ktorá trpí závažnými problémami s dýchaním. Prvé príznaky sa prejavili tesne potom ako ona a jej priateľ zažili prepad reštaurácie. Počas pobytu v nemocnici sa tie isté príznaky objavia aj u neho. Prípad naberá na spáde a vážnosti. Hrozí im smrť. House medzitým na klinike narazí na pacienta, ktorý ešte nepovedal svoje posledné slovo.

3×06 – Que Sera Sera
Prvýkrát odvysielané 7.11.2006, scenár Thomas L. Moran, réžia Deran Sarafian.
270kg vážiaci George Hagel upadne vo svojom byte do kómy. Nikto netuší, čo mu vlastne je. Prípad si žiada zásah diagnostického tímu. House príde na to, že tentoraz sa zahrával s nesprávnou osobou, detektív Michael Tritter vykopal vojnový Vicodin. Cameronová ukáže, čoho je skutočne schopná ak ide o “pacientovo dobro”.

3×07 – Son of a Coma Guy
Prvýkrát odvysielané 14.11.2006, scenár Doris Egan, réžia Dan Attias.
Tritter naďalej sliedi po všetkom, čo by mohlo Housea položiť. Vypočúva priateľov (t.j. Wilson) aj tím. House medzitým prebudí vegetatívneho pacienta a vydá sa s ním na jeho posledú cestu. Okolnosti ho donútia k extrémnym rozhodnutiam. Wilson kryje trestný čin.

3×08 – Whack-a-Mole
Prvýkrát odvysielané 21.11.2006, scenár Pamela Davis, réžia Daniel Sackheim.
Pacientom je 18-ročný muž starajúci sa o svojich mladších súrodencov, počas oslavy narodenín (pracuje v zábavnom centre) dostane infarkt. Jeho stav sa neustále zhoršuje, pribúdajú ďalšie a ďalšie diagnózy.

3×09 – Finding Judas
Prvýkrát odvysielané 28.11.2006, scenár Sara Hess, réžia Deran Sarafian.
Tritter naďalej tlačí na Houseových kolegov a podriadených, nikto okrem Cuddyovej mu už nepredpíše Vicodin. Dostáva menšie dávky, čo ovplyvňuje jeho psychiku. Jeho omyl skoro pripraví 6-ročnú pacientku o ruku.

3×10 – Merry Little Christmas
Prvýkrát odvysielané 12.12.2006, scenár Liz Friedman, réžia Tony To.
Pacientom je 15-ročná Abigail trpiaca dwarfizmom, Wilson dohodne s Tritterom podmienky Houseovej “kapitulácie”, House samozrejme odmietne. Cuddyová ho odvolá z prípadu a prestane mu predpisovať Vicodin, ohrozí tak život pacientky.

3×11 – Words and Deeds
Prvýkrát odvysielané 09.01.2007, scenár Leonard Dick, réžia Daniel Sackheim.
Tritter dosiahol svoje, House stojí pred súdom, má poslednú možnosť vyhnúť sa väzeniu, všetko zmení Cuddová na lavici svedkov. Pacientom týždňa je hasič, ktorý je ochotný aj zomrieť, len aby nemusel prezradiť svoje city k bratovej žene.

3×12 – One Day, One Room
Prvýkrát odvysielané 30.01.2007, scenár David Shore, réžia Juan J. Campanella.
Na klinike sa House stretne s pacientkou, ktorá ho zaujme. Eve bola znásilnená, ale fyzicky je v poriadku, preto ju House odmieta liečiť, ona však nechce nikoho iného. Aby jej pomohol, musí sa s ňou podeliť o svoje tajomstvo.

3×13 – Needle in a Haystack
Prvýkrát odvysielané 06.02.2007, scenár David Foster, réžia Peter O’Fallon.
House a jeho tím liečia mladého muža, ktorý skolaboval na rande. Tají svoju skutočnú totožnosť, ohrozuje svoj život. Je členom veľkej cigánskej rodiny, ktorá má vlastné pravidlá. Foreman riskuje licenciu, aby mu pomohol.

3×14 – Insensitive
Prvýkrát odvysielané 13.02.2007, scenár Matthew V. Lewis, réžia Deran Sarafian.
Na Valentína je na klinike personálna kríza, kvôli snehovej búrke. House sa náhodou stretne s dievčaťom po autohavárii, ktoré svoju bolesť len simuluje. Príde na to, že má veľmi vzácnu chorobu, ktorá jej neumožňuje cítiť bolesť. Stáva sa touto pacientkou posadnutý.

3×15 – Half-Wit
Prvýkrát odvysielané 06.03.2007, scenár Lawrence Kaplow, réžia Katie Jacobs.
Pacientom týždňa je Patrick Obyedkov. Keď mal 10 rokov, zrazil ho autobus a spôsobil mu ťažké poškodenie mozgu. Chlapec sa zo dňa na deň naučil hrať na klavíri. 25 rokov nemal žiadne ďalšie ťažkosti. Na poslednom koncerte však stratil kontrolu nad rukou. Pomôcť mu dokáže len Gregory House a jeho tím.

3×16 – Top Secret
Prvýkrát odvysielané 27.03.2007, scenár Thomas L. Moran, réžia Deran Sarafian.
House máva čudné sny, nočné mory o prepade konvoja v bojovej zóne. Prekvapí ho fakt, že jeho ďalším pacientom je ex-mariňák, ktorý vraj trpí syndrómom Vojny v zálive. Chase a Cameronová si užívajú svoje “nezáväzné priateľstvo”.

3×17 – Fetal Position
Prvýkrát odvysielané 03.04.2007, scenár Russel Friend & Garrett Lerner, réžia Matt Shakeman.
Emmu Sloan, slávnu 42-ročnú tehotnú fotografku, privezú do nemocnice potom ako skolabuje uprostred fotenia. Jej stav sa začne zlepšovať. Náhle jej však zlyhajú obličky a hrozí jej smrť. House má teóriu, ale Emma odmieta obetovať svoje nenarodené dieťa.

3×18 – Airborne
Prvýkrát odvysielané 10.04.2007, scenár David Hoselton, réžia Elodie Keene.
Jedna z mála epizód, ktoré sa odohrávajú aj mimo budovy nemocnice. House a Cuddyová sa letecky vracajú z lekárskeho konzília. V lietadle vypukne neznáma nákaza a panika. Medzitým sa do nemocnice dostane žena, ktorá z neznámych dôvodov skolabovala v prítomnosti údajnej “známej”.

3×19 – Act Your Age
Prvýkrát odvysielané 17.04.2007, scenár Sara Hess, réžia Daniel Sackheim.
6-ročná Lucy odpadla v škôlke. Z neznámych príčin jej tuhne tkanivo v okolí srdca. Tím hľadá možné vysvetlenie a snaží sa tak zachrániť malej Lucy život. Napätie medzi Chaseom a Cameronovou rastie, House im robí napriek, pátranie vedie k prekvapivému odhaleniu.

3×20 – House Training
Prvýkrát odvysielané 24.04.2007, scenár Doris Egan, réžia Paul McCrane.
Mladá podvodníčka zrazu nie je schopná robiť rozhodnutia, omdlie a preberie sa v nemocnici. Nikto ju nedokáže diagnostikovať. Preto sa uchýlia k transplantácii kostnej drene, ktorú navrhoval Foreman. Ukáže sa však, že toto rozhodnutie…

3×21 – Family
Prvýkrát odvysielané 01.05.2007, scenár Liz Friedman, réžia David Straiton.
Nick a jeho brat Matt sú dvojčatá. Nick je vážne chorý a zachrániť ho môže len bratova kostná dreň. Pred transplantáciou podstúpil ožarovanie a čaká v sterilnej izbe na operáciu. Matty však kýchne a vyšetrenie odhalí horúčku a zväčšenú slezinu. Ak ho nevyliečia včas, jeho brat Nick zomrie.

3×22 – Resignation
Prvýkrát odvysielané 08.05.2007, scenár Pamela Davis, réžia Martha Mitchell.
Pacientom je Addie, 19-ročná druháčka na vysokej, ktorá začala vykašliavať krv. Tím pri diagnóze zvažuje viacero možností. House stále trvá na svojej diagnóze, aj keď všetky symptómy tvrdia opak. House a Wilson si navzájom “pomáhajú” kávou.

3×23 – The Jerk
Prvýkrát odvysielané 15.05.2007, scenár Leonard Dick, réžia Daniel Sackheim.
Nate je 16-ročný šachový majster, ktorý svojím správaním prekoná aj Gregoryho Housea. Do nemocnice sa dostal potom, čo brutálne napadol svojho spoluhráča v škole. House si myslí, že Nate trpí ťažkými bolesťami hlavy, testuje svoje teórie pri partičke šachu. Foreman odchádza a House sa ho snaží tajne zastaviť (aspoň si to všetci myslia).

3×24 – Human Error
Prvýkrát odvysielané 29.05.2007, scenár Lawrence Kaplow & Thomas Moran, réžia Katie Jacobs.
Finále 3. série začína záchranou topiaceho sa páru v oceáne. Pri prevoze vrtuľníkom do nemocnice manžel požiada o Dr. Housea. Ten jeho manželku spočiatku odmieta liečiť. Marina Hernandez ho však zaujme “10-imi rôznymi symptómami”. Tím verí tomu, že chybu urobili lekári na Kube. Svoj názor prehodnotia potom, ako Marina vstane z mŕtvych. Na konci epizódy všetci členovia tímu Houseovi postupne oznámia, že končia…